این کتاب در برگیرنده مباحث متعددی همچون مباحث خُرد و جزئی بوده، ولی بی‌شک یکی از مهم‌ترین مباحث کلان این حوزه این است که موضع‌گیری حقوق اسلامی درقبال تفکیک میان امور مدنی و کیفری چیست و آیا می‌توان این تفکیک را پذیرفت؟ یکی از آثار مترتب بر این تفکیک را این‌گونه می‌توان مطرح کرد که نظام حاکم بر ادله اثبات جرم در نظام حقوقی چیست؟ سیستم ادله قانونی، سیستم ادله معنوی یا سیستم مختلط؟ درجهت تفکیک میان ادله اثبات دعوی کیفری و مدنی، باید از تک‌تک ادله نیز بحث کرد؛ بدین‌معناکه مثلاً اقرار در امور کیفری چه تفاوت‌هایی با اقرار در امور مدنی دارد؟
براین‌اساس کتاب ادله اثبات کیفری در سه فصل سامان یافته است: مشروعیت یا عدم مشروعیت تفکیک میان امور کیفری و مدنی (فصل نخست)؛ نظام حاکم بر ادله اثبات جرم و موضع نظام حقوق کیفری اسلام و ایران (فصل دوم) و ارزیابی تفصیلی ادله اثبات دعوی کیفری و مدنی و به‌تعبیردیگر واگرایی ادله اثبات دعوی کیفری و مدنی (فصل سوم)
