رئیس پژوهشگاه به عنوان بالاترین مقام مدیریتی، مسؤولیت هدایت تصمیمات و فعالیتها و تدبیر امور کلان و هماهنگسازی بخشهای گوناگون را عهدهدار است. معاونان، مسؤولان قسمتهای مختلف و مدیران مؤسسات وابسته به پژوهشگاه نیز با نظر مستقیم وی گزینش و گمارده میشوند.
از ابتدای تأسیس پژوهشگاه تاکنون آیت الله علی اکبر رشاد عهدهدار ریاست پژوهشگاه میباشد.