هیأت رئیسه پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی متشکل از ریاست پژوهشگاه، معاونین، روسای پژوهشکده های فرهنگ و مطالعات اجتماعی، حکمت و دین پژوهی و نظام های اسلامی و همچنین مشاوران راهبردی و طرح و برنامه ریزی ریاست هر هفته تشکیل جلسه می دهد.
عمده وظایف هیأت رئیسه پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی عبارت است از:
الف) بررسی و رایزنی در زمینهی تمهید مقدمات سازمانی برای تحقق اسناد بالادستی نظام بویژه چشمانداز نظام در افق ۱۴۰۴، نقشهی جامع علمی کشور و سیاستهای کلی نظام اداری و نیز تدابیر و رهنمودهای مقام معظم رهبری( دام ظله) در پژوهشگاه.
ب) بررسی و پیشبینی ملزومات اجرای مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی، شورای عالی حوزههای علمیه، دستورالعملهای ابلاغی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، برحسب تناسب و در راستای تحقق اهداف و وظایف پژوهشگاه.
ج) بررسی و رایزنی در زمینهی امور حقوقی، منابع و تشکیلات متناسب برای حسن اجرای اهداف، چشمانداز، اصول راهبردی و وظایف پژوهشگاه.
د) بررسی و تصویب ساختار سازمانی و تشکیلات تفصیلی و سازماننیروی پژوهشگاه و موسسات وابسته.
ه) بررسی و تصویب آئیننامه های مالی ـ معاملاتی، اداری – استخدامی، فرایندنامهها، دستورالعملها و طرحهای پیشنهادی کارگروههای تخصصی.
و) بررسی و تصویب بودجهی تلفیقی برنامه های پژوهشگاه و تایید نهایی بودجهی موسسات وابسته.
ز) بررسی برای فراهمسازی زمینهی رشد معنوی و بهسازی منابع انسانی، بالاخص رهگذر آموزش ضمن خدمت و ایجاد فرصتهای مطالعاتی در جهت ارتقاء بهرهوری و نهادینه سازی فرهنگ سازمانی اسلامی در پژوهشگاه.
ح) بررسی و تصویب برنامهها و روش های تعامل با حوزه های علمیه و مراکز آموزش عالی و علمی ـ پژوهشی کشور با توجه به پیشنهادهای واصله از پژوهشکدهها و موسسات وابسته و کارگروههای تخصصی.
ط) رایزنی و برنامهریزی در جهت اخذ گواهینامههای معتبر استاندارد مرتبط.
ی) سایر امور و مسائل ارجاعی از سوی ریاست پژوهشگاه.