اکنون که حسب تقدیر الاهی، باب جهاد به روی اهلش گشوده شده است، و محور جبهه‌ی مقاومت، و میهن عزیز و ملت بزرگ ما، در معرض امتحان تاریخی دیگری قرارگرفته است؛ اصحاب فکر، فقه و فرهنگ، رسالتی بس بزرگ و برجسته بر عهده دارند.

پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه‌ی اسلامی و مجموعه‌ی حوزوی امام رضا (ع) که همواره در عرصه‌ی اندیشه‌ی و عملِ جهادي پیشگام و پیشتاز بوده‌اند، در این شرائط تاریخي و تاریخساز نیز، در صددند تحت فرمان زعیم حکیم و شجاع خویش، در کنار اقشار مختلف ملت، بویژه نیروهای مسلّح همیشه فاتح و قهرمان جمهوری اسلامی، فراخور اهداف و رسالت این دو نهاد نقش‌ درخور و شایانی ایفاء ‌کنند.

مدیریت استعدادها و استطاعت های آحاد و واحدهای پژوهشگاه و مجموعه‌ی امام رضا(ع)، و بکارگیری ظرفیّت های تشکل‌ها، طبقات مختلف و شخصیت‌های همسو، و هم افزایی و تعامل با نهادهای همگن، ضرورت تشکیل قرارگاه جهادی اندیشه را ایجاب می نمود.

• اهداف و وظائف کلی قرارگاه:
  ۱ـ تولید و تعمیق ادبیّات علمی و دینی در زمینه‌ی جهاد، مقاومت، و مواضع اصولی انقلاب اسلامي.
  ۲ـ جهاد تبیین، دفع شبهات و پاسخ به سؤالات در عرصه‌های فکری و نظری، فقهی و حقوقی، اجتماعی و سیاسی معطوف به شرائط کنونی کشور، جبهه‌ی مقاومت، و جنگ تحمیلی جاری، به انگیزه‌ی ارتقای ایمان دینی و روحیه‌ی انقلابی ملت و تقویت وحدت و هویّت ملی.
  ۳ـ مواجهه با جنگ شناختی کفر و استکبار علیه نظام اسلامی، انقلاب و جبهه‌ی مقاومت، و خنثی‌سازی جنگ روانی دشمنان، و نیز ارائه‌ی توصیه‌های معنوی به طبقات مختلف جامعه.
  ۴ـ ارائه‌ی مشاوره‌های راهبردی و اساسی به مقامات و نهادهای ذی‌ربط و ذی‌دخل کشور.
• خطوط مشی سازمانی:
  ۱ـ تعیین مرجع تصمیم‌گیر سبکبال و مستقل از مراجع تصمیم‌گیر موجود دو نهاد پشتیبان.
  ۲ـ التزام به سادگی، سهولت و سرعت در فرایندها، و اجتناب از طراحی سیر و ساختار پیچيده، عریض و طویل.
  ۳ـ اهتمام به فعال‌سازي سازمان و سمتهای متناسب موجود در دو نهاد پشتیبان، و اجتناب از ایجاد واحدهای موازی.
  ۴ـ جانمایی واحدهای مورد نیاز و جدید در طول سازمان موجود در دو نهاد.