يكى از موضوعات تاريخ قرآن، مصحف على(ع)است. مصحف در لغت، جامع نوشته هاى ميان دو جلد است. سُليم بن قيس، ابن عباس و برخى ديگر، به صراحت از وجود مصحف على(ع)سخن گفته اند؛ اما برخى از اهل سنت، اين اخبار را منكر شده اند يا توجيه كرده اند. شيخ مفيد معتقد است اصل وجود چنين مصحفى مسلم است؛ اما اين به معناى اعتراف به تحريف قرآن نيست. يعقوبى، شهرستانى، ابن ابى الحديد، فيض كاشانى و بسيارى از عالمان، در اصل وجود مصحف ترديد روا نداشته اند.
بنا بر گزارش هاى تاريخى، اين مصحف كامل بوده، به خط خود حضرت مكتوب شده، ميان دو لوح قرار داشته و بديع بوده است. محتواى مصحف آن حضرت نيز قرآن بوده است؛ اما بحث از تفسير و تأويل قرآن. از تاريخ برمى آيد كه بيش از بيست تن از صحابه، مصحف هايى براى خود نگاشته بوده اند. عثمان به قصد اجراى روش واحد در كتابت قرآن، همه آن ها را گرد آورد و از ميان برد. در تاريخ و حديث، سخن از مصحف فاطمه(س) نيز به ميان مى آيد. مصحف فاطمه(س) قرآن نبوده، بلكه تنها مجموعه اى از دريافت هاى غيبى آن حضرت را دربرداشته است. مصحف على(ع)تقرير مطالب پيامبر و معطوف به شريعت و احكام آن بوده است. جامعيت آن، منبع علوم و احكام امامان به شمار مى آمده و تنها در اختيار آنان قرار داشته است.
در روايات، از كتاب على(ع)و جامعه و صحيفه سخن به ميان آمده است. پژوهش نشان مى دهد كه اين سه مى توانند يكى باشند. مى توان گفت كه حضرت در حاشيه قرآن، مطالبى را در تفسير و تأويل مى نوشته كه بعد به مصحف شهرت يافته است. اگر مدت گردآورى اين مصحفْ اندك بوده باشد، مى توان گفت كه حضرت براى اين كار از برخى ديگر نيز يارى مى جسته است.
اين مصحف هرگز به عموم عرضه نشد و به امر امام پنهان ماند. دلايل تاريخى بسيارى براى اين فرمان ويژه وجود دارد. البته جست وجو براى يافتن آن هيچ گاه پايان نيافته است. بسيارى از مورخان و محدثان در باب وجود نسخه هايى از اين مصحف سخن گفته اند و اهميت دست يابى به آن را تذكار داده اند. مهم ترين نكته اين است كه اعتقاد به وجود چنين كتابى، مساوى با اعتراف به تحريف قرآن نيست؛ هرچند اين اعتقاد، گاهى دستاويز پذيرش تحريف قرآن قرار گرفته است. ايرادهاى كلامى و تاريخى وجود اين مصحف، در سايه پژوهشى فراگير، بيرنگ مى شوند.
