یکى از موضوعات تاریخ قرآن، مصحف على(ع)است. مصحف در لغت، جامع نوشته هاى میان دو جلد است. سُلیم بن قیس، ابن عباس و برخى دیگر، به صراحت از وجود مصحف على(ع)سخن گفته اند؛ اما برخى از اهل سنت، این اخبار را منکر شده اند یا توجیه کرده اند. شیخ مفید معتقد است اصل وجود چنین مصحفى مسلم است؛ اما این به معناى اعتراف به تحریف قرآن نیست. یعقوبى، شهرستانى، ابن ابى الحدید، فیض کاشانى و بسیارى از عالمان، در اصل وجود مصحف تردید روا نداشته اند.
بنا بر گزارش هاى تاریخى، این مصحف کامل بوده، به خط خود حضرت مکتوب شده، میان دو لوح قرار داشته و بدیع بوده است. محتواى مصحف آن حضرت نیز قرآن بوده است؛ اما بحث از تفسیر و تأویل قرآن. از تاریخ برمى آید که بیش از بیست تن از صحابه، مصحف هایى براى خود نگاشته بوده اند. عثمان به قصد اجراى روش واحد در کتابت قرآن، همه آن ها را گرد آورد و از میان برد. در تاریخ و حدیث، سخن از مصحف فاطمه(س) نیز به میان مى آید. مصحف فاطمه(س) قرآن نبوده، بلکه تنها مجموعه اى از دریافت هاى غیبى آن حضرت را دربرداشته است. مصحف على(ع)تقریر مطالب پیامبر و معطوف به شریعت و احکام آن بوده است. جامعیت آن، منبع علوم و احکام امامان به شمار مى آمده و تنها در اختیار آنان قرار داشته است.
در روایات، از کتاب على(ع)و جامعه و صحیفه سخن به میان آمده است. پژوهش نشان مى دهد که این سه مى توانند یکى باشند. مى توان گفت که حضرت در حاشیه قرآن، مطالبى را در تفسیر و تأویل مى نوشته که بعد به مصحف شهرت یافته است. اگر مدت گردآورى این مصحفْ اندک بوده باشد، مى توان گفت که حضرت براى این کار از برخى دیگر نیز یارى مى جسته است.
این مصحف هرگز به عموم عرضه نشد و به امر امام پنهان ماند. دلایل تاریخى بسیارى براى این فرمان ویژه وجود دارد. البته جست وجو براى یافتن آن هیچ گاه پایان نیافته است. بسیارى از مورخان و محدثان در باب وجود نسخه هایى از این مصحف سخن گفته اند و اهمیت دست یابى به آن را تذکار داده اند. مهم ترین نکته این است که اعتقاد به وجود چنین کتابى، مساوى با اعتراف به تحریف قرآن نیست؛ هرچند این اعتقاد، گاهى دستاویز پذیرش تحریف قرآن قرار گرفته است. ایرادهاى کلامى و تاریخى وجود این مصحف، در سایه پژوهشى فراگیر، بیرنگ مى شوند.
