قرآن و على(ع)دو ركن جدا ناشدنى اند. امام از «اهل ذكر» است و قرآن مردمان را به پرسش از ايشان فراخوانده است. پيامبر او را «صاحب تأويل» و «آگاه به همه دانش هاى نبوى» مى داند. على(ع)نيز خويشتن را «قرآن ناطق» و «آگاه به اسرار جهان غيب» و «وارث پيامبران» خوانده است. معصومان، صحابه، تابعان و متفكران مسلمان نيز على(ع)را آگاه ترين فرد به تفسير وحى دانسته اند. ابن مسعود، ابن عباس – ممتازترين صحابى مفسر – و بسيارى از گرانمايگان، از آن جمله اند.
قرآن به صفت «مبين» متصف است و امام على(ع)گاه آن را «صامت ناطق» و گاه «سخنگوى خستگى ناپذير» مى شمارد و آن را نيازمند شرح و تفسير مى داند. به علاوه، تفسير را به احراز شروطى ويژه منوط مى كند. قرآن در ديدگاه امام، كتابى است جامع همه معارف دين، و مجموعه اى هماهنگ كه آياتش ناظر به يكديگرند. زبان قرآن در نگاه امام، در عين فهم پذيرى، گاه با فهم عرفى سازگار نمى افتد، و به لحاظ همين تكثرپذيرىِ معنايى است كه علمى ويژه براى تفسير آن لازم است. براى فهم دقيق قرآن، شناخت علوم قرآن لازم است. تأويل، درك ترابط آيات و اجتناب از تفسير به رأى نيز شروط بايسته تفسير است.
امام بنيادگذار تفسير موضوعى است، و تفسير قرآن با قرآن، مهم ترين ويژگى روش تفسيرى او است. قاعده مند كردن فهم ارتباط آيات با يكديگر، خصيصه اين شيوه است. روش ديگر امام، تفسير نقلى قرآن – براساس اخبار صحيح نبوى – است. او به تفسير معناشناختى قرآن، بر پايه فهم درست زبانى و معنايى، اهتمام مى ورزد. تفسير عقلى – اجتهادى قرآن، يعنى تلاش عقلانى براى درك و كشف سطح زبان و معناى آن، روش برجسته امام در تفسير است. تطبيق و تعيين مصداق، توسعه مفهومى و الغاى خصوصيت و نيز تحليل مفاهيم و وضوح بخشيدن به موارد مبهم، از مميزات روش تفسير عقلانى امام به شمار مى آيد. به گفته پيامبر، على(ع)، خود، «تفسير قرآن» است.
