شهر قم در بردارنده بزرگترین حوزۀ علمیه جهان اسلام و مرکز حوزههای علمیه ایران میباشد و پژوهشگران شایستۀ بسیاری را در زمینههای گوناگون علوم و معارف اسلامی در خود جای داده است؛ لذا از همان اوان تأسیس پژوهشگاه تصمیم گرفته شد برای استفاده از وجود محققان حوزوی و ایجاد ارتباط با مراکز علمی فعال در این شهر و فراهم ساختن زمینۀ مشارکت دانشوران حوزوی در امور پژوهشی روزآمد و همچنین کمک به حوزه علمیه و حمایت از دانشآموختگان علاقهمند به تحقیق در عرصۀ مباحث مورد علاقه پژوهشگاه، دفتری در این شهر راهاندازی شود.
این دفتر تاکنون موفق به جلب همکاری و جذب و استخدام چندین تن از محققان و اندیشوران حوزه علمیه شده و ضمن اجرای طرحهای تحقیقاتی متعدد، نشستها و همایشهای علمی و تحقیقاتی بسیار، و دورههای آموزشی پرباری را برگزار کرده است.
جهت تقویت ارتباط با محققان حوزوی سه پژوهشکده و چندین گروهه علمی پژوهشگاه در دفتر قم مستقر هستند.