از مجموعه قضاوت هاى على(ع)مى توان ساختارى نظام مند از سازمان قضايى و آيين دادرسى ارائه داد. يكى از اصول حاكم بر دادرسى امام، تساوى آحاد جامعه در اين امر است. آن حضرت در گفتار و رفتار، اين اصل را رعايت كرده است. علنى بودن محاكمات نيز از اصول بنيادين دادرسى است. محل قضاوت على(ع)در مسجد كوفه، مكانى مرتفع و در منظر همگان بوده است. او در عمل و سخن، به اصل آزادىِ متهم در دفاع از خويش ملتزم بود. ايشان در كشف جرم، گاه به استفاده از ابزارهاى فنى و علمى مى پرداخت و پرونده هاى قضايى را با تحقيق و تفحص كامل برمى رسيد.
ترغيب به كتمان و انكار در جرايم حدى، تجديد نظرخواهى و توجه به وضعيت مجرم در هنگام اقامه حدود، همه از اصول حاكم بر آيين دادرسى در منظر على(ع)شمرده مى شوند.
بحث ديگر آيين دادرسى، ادله اثبات دعوا است. اين ادله، مجموعه وسايلى است كه براى اثبات دعوا در مراجع قضايى به كار مى رود. مهم ترين ادله اثبات دعوا عبارتند از: اقرار، بينه، سوگند، قسامه، علم قاضى، قرينه، قرعه، كارشناسى و سند. على(ع)در سيره قضايى خود، براى اثبات دعوا، به اقرار تمسك مى جسته است. البته اين تمسك همواره قرين تحقيق درباره صحت و سقم آن بوده است؛ زيرا اقرار بايد از روى عقل و اختيار باشد، نه بر اثر جنون يا اكراه و يا تهديد. بينه يا شهادت نيز از مهم ترين ادله دعوا شمرده مى شوند. در ديدگاه على(ع)، قاضى در بررسى اعتبار بينه مبسوط اليد است. اختبار شهود، رد شهادت شهود در زمان شك، تفريق بين گواهان و مسئوليت مدعى در اقامه بينه، در قضاوت هاى على(ع)جلب نظر مى كنند. امام براى فصل خصومت يا تكميل ادله از سوگند نيز استفاده كرده است. على(ع)تنها در يك جا به قسامه اشاره فرموده است. درباره قلمرو اثباتىِ علم قاضى، به منزله يكى از ادله اثبات دعوا، نظريه هاى گوناگونى وجود دارد. در هر حال، ترديدى نيست كه على(ع)گاه در امر قضاوت به مقتضاى علم خود عمل كرده است. ديگر اين كه هم از قراين قضايى و هم از قراين شرعى (قانونى) به گونه اى گسترده بهره برده است. قرينه اثر، قرينه حالت و قرينه لفظى، قراين قضايى محسوب مى شوند. قاعده يد و قاعده فراش نيز از قراين شرعى (قانونى) به شمار مى آيند. استفاده از قرعه در موارد خاص، رجوع به كارشناسان و توجه به سند (خط و كتابت)، از ديگر ادله اثبات دعوا است كه على(ع)از آن ها سود مى جسته است.
