از مجموعه قضاوت هاى على(ع)مى توان ساختارى نظام مند از سازمان قضایى و آیین دادرسى ارائه داد. یکى از اصول حاکم بر دادرسى امام، تساوى آحاد جامعه در این امر است. آن حضرت در گفتار و رفتار، این اصل را رعایت کرده است. علنى بودن محاکمات نیز از اصول بنیادین دادرسى است. محل قضاوت على(ع)در مسجد کوفه، مکانى مرتفع و در منظر همگان بوده است. او در عمل و سخن، به اصل آزادىِ متهم در دفاع از خویش ملتزم بود. ایشان در کشف جرم، گاه به استفاده از ابزارهاى فنى و علمى مى پرداخت و پرونده هاى قضایى را با تحقیق و تفحص کامل برمى رسید.
ترغیب به کتمان و انکار در جرایم حدى، تجدید نظرخواهى و توجه به وضعیت مجرم در هنگام اقامه حدود، همه از اصول حاکم بر آیین دادرسى در منظر على(ع)شمرده مى شوند.
بحث دیگر آیین دادرسى، ادله اثبات دعوا است. این ادله، مجموعه وسایلى است که براى اثبات دعوا در مراجع قضایى به کار مى رود. مهم ترین ادله اثبات دعوا عبارتند از: اقرار، بینه، سوگند، قسامه، علم قاضى، قرینه، قرعه، کارشناسى و سند. على(ع)در سیره قضایى خود، براى اثبات دعوا، به اقرار تمسک مى جسته است. البته این تمسک همواره قرین تحقیق درباره صحت و سقم آن بوده است؛ زیرا اقرار باید از روى عقل و اختیار باشد، نه بر اثر جنون یا اکراه و یا تهدید. بینه یا شهادت نیز از مهم ترین ادله دعوا شمرده مى شوند. در دیدگاه على(ع)، قاضى در بررسى اعتبار بینه مبسوط الید است. اختبار شهود، رد شهادت شهود در زمان شک، تفریق بین گواهان و مسئولیت مدعى در اقامه بینه، در قضاوت هاى على(ع)جلب نظر مى کنند. امام براى فصل خصومت یا تکمیل ادله از سوگند نیز استفاده کرده است. على(ع)تنها در یک جا به قسامه اشاره فرموده است. درباره قلمرو اثباتىِ علم قاضى، به منزله یکى از ادله اثبات دعوا، نظریه هاى گوناگونى وجود دارد. در هر حال، تردیدى نیست که على(ع)گاه در امر قضاوت به مقتضاى علم خود عمل کرده است. دیگر این که هم از قراین قضایى و هم از قراین شرعى (قانونى) به گونه اى گسترده بهره برده است. قرینه اثر، قرینه حالت و قرینه لفظى، قراین قضایى محسوب مى شوند. قاعده ید و قاعده فراش نیز از قراین شرعى (قانونى) به شمار مى آیند. استفاده از قرعه در موارد خاص، رجوع به کارشناسان و توجه به سند (خط و کتابت)، از دیگر ادله اثبات دعوا است که على(ع)از آن ها سود مى جسته است.
