آسيب شناسى حكومت اسلامى، شناخت مجموعه آفات و موانعى است كه بالقوه يا بالفعل آن حكومت را تهديد كند. مقصود از حكومت اسلامى در اين جا نيز نمونه آرمانى حكومت دينى است. در متون دينى واژگانى چون «تدمير»، «زوال» و «آفت»، بر آسيب شناسى حكومت دلالت مى كنند. حكومت ها بايد عوامل تهديد كننده خويش را بازشناسند و علل عدم تحقق آرمان هاى خود را بر رسند. على(ع)نيز در سخنان خويش به بحث درباره ابعاد گوناگون آسيب شناسى حكومت اسلامى پرداخته است. بخش مهمى از سخنان حضرت در اين زمينه، به آسيب شناسى سياسى حكومت اسلامى باز مى گردد.
ظلم و بى عدالتى، مهم ترينِ آسيب ها، از جمله، آسيب هاى سياسى است. ظلم، هم مردم را نابود مى كند و هم مايه ويرانى حكومت مى شود. استبداد به رأى و ترك مشورت با مردمان نيز آسيب ديگرى است. تهديد آزادى ها و نقض حقوق مردم، ضعف مديريت، برترى جويى، رويگردانى از اصول اساسى و روى آورى به سياست هاى ابزارگرايانه، مقدم داشتن اراذل بر افاضل، زوال امنيت، نفوذ خيانت كاران به حكومت، و جدايى مسئولان از مردم، از جمله آسيب هاى گوناگون سياسى حكومتند كه مى توانند پايه هاى هر نظامى را در هم ريزند و آن را به تباهى بكشانند.
على(ع)درباره آسيب شناسى نظامى حكومت نيز سخن گفته است. حاكمان بايد آموزش آداب جنگ، آرايش لشكر و استفاده از فرصت ها و شيوه هاى نو را از ياد نبرند تا آسيبى به قدرت نظامى حكومت نرسد.
از منظر على(ع)، اهداف اقتصادى حكومت اسلامى نيز آسيب پذير است. عدم نظارت بر بازار، بى توجهى به فعاليت هاى اقتصادى، احتكار و ربا، بى اعتنايى به سياست هاى مالى شريعت، عدم حساسيت به بيت المال و بى توجهى به نيازهاى مادى مردم، به ويژه فرودستان، از آسيب هاى جدى اهداف و نظام اقتصادى حكومت اسلامى به شمار مى آيند.
حكومت اسلامى از بُعد فرهنگى – اجتماعى نيز آسيب مى پذيرد. اگر حكومت از اهداف فرهنگى و تربيتى دور افتد، بر جامعه تفرقه حاكم شود، باب انتقاد مسدود گردد و چاپلوسى رونق گيرد، حاكمان قداست يابند، مسئولان و مردم از نظم و قانون منحرف شوند، و رفاه طلبى بر رهبران جامعه چيره شود، حكومت در ابعاد فرهنگى و اجتماعى خويش ويران مى شود و كيان آن بر باد مى رود.
على(ع)آسيب شناسى قضايى حكومت اسلامى را نيز تصوير كرده است. ورود ناصالحان به عرصه قضاوت، نيازمندى مالى قاضيان، عدم وجود امنيت شغلى براى آنان، خروج از آداب قضاوت اسلامى، عدم نظارت بر كار قضات، و حاكميت يافتن روابط در امر قضاوت، منشأ زوال ركن قضايى حكومت اسلامى است.