حوادث تلخی که پس از رحلت رسول خدا(ص) رخ داد، به بیماری و شهادت حضرت فاطمه(س) انجامید. به دلیل شرایط خاص آن زمان، چگونگی تشییع و خاک‌سپاری دختر رسول خدا(ص) با ابهاماتی همراه است. با توجه به مقام معنوی فاطمه(س)، عموم مسلمانان و شخصیت‌های حکومتی به شرکت در این مراسم مایل بودند، ولی دختر رسول خدا(ص) که از حکومت ناخشنود بود، نمی‌خواست خلیفه و اطرافیان او در مراسم تشییع و خاک‌سپاری او شرکت کنند. ازاین‌رو به علی(ع) وصیت کرد که تنها افراد انگشت‌شماری از اهل‌بیت(ع) و صحابه در این مراسم حضور داشته باشند و او را شبانه غسل داده، به خاک بسپارند.
امیرمؤمنان(ع) به کمک اسماء، شبانه هسمرش را غسل داد و کفن کرد و خود بر پیکر فاطمه(س) نماز خواند و به همراه گروه اندکی از نزدیکان خود، دختر رسول خدا(ص) را با تابوتی که به خواست خود او ساخته شده بود، حمل کرد و شب‌هنگام آن را به خاک سپرد.
به روایت امام صادق(ع) صبح‌هنگام که ابوبکر و عمر از خاک‌سپاری فاطمه(س) آگاه شدند. خواستند قبر دختر پیامبر(ص) را بشکافند و بر جنازه او نماز بخوانند که با واکنش شدید علی(ع)، از تصمیم خود منصرف شدند.
درباره محل خاک‌سپاری حضرت فاطمه(س) نیز اختلاف‌نظر وجود دارد. گروهی معتقدند که پیکر دختر رسول خدا(ص) در خانه خودش دفن شده که در کنار مسجدالنبی(ص) قرار داشت و بعدها با توسعه مسجد، خانه و قبر فاطمه(س) در مسجد قرار گرفت. عده‌ای نیز عقیده دارند که فاطمه(س) را در خانه عقیل دفن کردند که پس از دفن فاطمه‌بنت‌اسد و عباس، رفته‌رفته به مقبره اختصاصی بنی‌هاشم تبدیل شده بود. بزرگانی همچون امام‌حسن مجتبی(ع)، امام زین‌العابدین(ع)، امام محمدباقر(ع) و امام جعفر صادق(ع) در این خانه دفن شده‌اند. این خانه اکنون در گورستان بقیع واقع شده است. احتمال دیگر درباره محل دفن دختر پیامبر(ص)، روضه نبوی(ص) است که در میان خانه، منبر و محراب رسول خدا(ص) واقع شده است.
پس از انجام خاک‌سپاری فاطمه(س)، امیرمؤمنان(ع) رو به سوی مدفن رسول اکرم(ص) سخنانی بر زبان راند و اشعاری خواند که نشان از اندوه فراوان او از فقدان همسرش و نیز ستمی بود که حکومت بر یگانه دختر رسول خدا(ص) روا داشته بود.
