فلسفه، عرفان نظرى و کلام، دانش هایى دیرپایند که درباره هستى – اگرچه با روشمندى هاى گوناگون – کاوش مى کنند. مباحث هستى شناسانه در این سه دانش درگذر زمان بالنده شده و سرمایه هاى نخستین خود را که از متون دینى برگرفته، مدام غنى تر ساخته است. پس، پرسش از هستى شناسى اسلامى پرسشى نادرست نیست. به گفته ابن ابى الحدید، نقش على(ع)در مباحث هستى شناسى جهان اسلام، نقشى ویژه است و توحید، عدل و مباحث شریف الهى جز با کلام این مرد شناخته نمى شود. ابن سینا نیز امام را خزانه عقل مى شمارد و او را در میان دیگران، چون معقول در میان محسوس مى داند. در میان فلسفه الهى، تنها امام على(ع)است که به تنهایى پیش مى رود و کسى به گرد او نمى رسد. به جز این، اهل تصوف و عرفان نیز خرقه خود را به على(ع)اسناد مى دهند؛ زیرا او را نفس نبى مى دانند.
تفکر درباره هستى با سلوک و دانش شهودى، یا با اندیشه و علم مفهومى ممکن است. البته عرفان نظرى مفاهیم را حجاب واقعیت هستى مى داند و معرفت شهودى را ناب تر و دقیق تر مى شمارد و ساحتى از هستى نیز در عرفان مطرح مى شود که فراتر از افق مفهوم و شهود است. این ساحت، عرصه تسبیح و تکبیر است. در سخنان امام على(ع)درباره هستى، هم بر نقش دانش شهودى تأکید مى شود، و هم تسبیح و تکبیر حق در رساترین جلوه خود یافت مى شود. على(ع)، گاه از محمولاتى سخن مى گوید که از تعینات و مراتب نازل هستى انتزاع مى شوند، و گاه از طریق حدوث، بر قدم، ازلیت و وجود خداوند استدلال مى کند. مفاهیم موجود در سخنان على(ع)محدود به مفاهیم کلامى نیست و متکلمان، آن مفاهیم را تا افقى خاص همراهى مى کنند.
برخى از سخنان حضرت، از جمله بحث علیت و ملاک آن، در کانون مباحثات فلسفى است و امام، معلول را قائم به غیر خود، و مصنوع را شناخته شده به خود معرفى مى کند. این بیان مى تواند ما را به برهان وجوب فارابى، برهان صدیقین بوعلى و مفهوم امکان فقرى صدرا راه بنماید. اگر امام مى گوید که «خداوند بدون ممازجت در اشیا و بدون مباینت خارج از اشیا است«، توجه ما را به «وجود لابشرط قسمى« جلب مى کند. بر اساس وحدت تشکیکى وجود، مى توان موضوعى را تصور کرد که به همراهى همه چیزها، بدون ممازجت، به آن ها متصف مى شود.
على(ع)شناخت هستى را به سطح مفاهیم محدود نمى داند، بلکه از مکاشفه و مشاهده مستقیم حقایق هستى نیز سخن مى گوید. شناخت برخى از تعینات و مصادیق هستى از طریق بعضى دیگر ممکن است؛ اما همین استدلال ها از راهنمایى خداوند ناشى مى شود. شناخت خداوند به نفس ذات او است؛ زیرا خورشید تنها با نور خود آشکار مى شود. خداوند در عین آن که در عقول متجلى مى شود و در مکاشفه و شهود ظهور مى یابد، از همگان پنهان است و هیچ ستایش و اندیشه و سپاسى را به کُنه او راه نیست. هر شناخت، خود، حجاب شناخت کنه او است. حد وسط این امتناعِ شناخت، نامحدود بودن حقیقت هستى است و از این نامحدود بودن، توحید در وجود نتیجه گرفته مى شود. پس، هرکس او را وصف کند، او را محدود کرده است. اما همه جهان نیز محل حضور و تجلى اسماى الهى است. تمام مفاوضات حکیمان و عارفان در ظل کلمات على(ع)قرار مى گیرد.
