کتابخانه پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی، مجموعهای است فراهم آمده از منابع علمی مختلف (کتاب، مجلّه، نرم افزار و…) به منظور پیشبرد پروژههای تحقیقاتی و سایر فعالیتهای علمی مصوب در گروههای علمی که در سازمان مرکزی (تهران) و دفتر قم به طور مستقل ساماندهی شده است.
عمده منابع فارسی، عربی و لاتین کتابخانه سازمان مرکزی با توجه به گروههای علمی فعال مستقر در آن در موضوعات «عرفان»، «معرفت شناسی»، «تاریخ و تمدن»، «مطالعات انقلاب اسلامی»، «غرب شناسی»، «ادبیات اندیشه» و «فرهنگپژوهی» تهیه و سامان یافته است.
عمده منابع موجود در کتابخانه دفتر قم نیز با توجه به گروههای علمی فعال مستقر در آن، در زمینههای «فلسفه»، «قرآنپژوهی»، «منطق فهم دین»، «کلام»، «سیاست»، «اقتصاد»، «فقه و حقوق»، «اخلاق» و «مدیریت اسلامی» و موضوعات مورد علاقه دانشنامههای پژوهشگاه تهیه و ساماندهی شده است.
هر دوکتابخانه بر اساس سیستم ردهبندی کنگره «LC»، نظام یافته و از نرمافزار کتابداری کاوش جهت ارائه خدمات کتابداری استفاده میکنند.
همچنین اختصاص فضای ویژۀ مطالعه برای اعضای هیأت علمی و پژوهشگران پژوهشگاه، اتصال به شبکه جهانی اینترنت و کتابخانههای معتبر دیجیتال، امکان بهرهگیری از اطلاعات نرمافزارهای داخلی و خارجی برای محققان، از ویژگیهای کتابخانه پژوهشگاه بهشمار میآید.