گروه منطق فهم دین / پژوهشکده حکمت و دین پژوهی
گروه کلام / پژوهشکده حکمت و دین پژوهی
گروه فلسفه / پژوهشکده حکمت و دین پژوهی
گروه معرفت شناسی / پژوهشکده حکمت و دین پژوهی
گروه قرآن پژوهی / پژوهشکده حکمت و دین پژوهی
گروه عرفان / پژوهشکده حکمت و دین پژوهی
گروه فقه و حقوق / پژوهشکده نظام های اسلامی
گروه اخلاق اسلامی / پژوهشکده نظام های اسلامی
گروه سیاست / پژوهشکده نظام های اسلامی
گروه مدیریت اسلامی / پژوهشکده نظام های اسلامی
گروه اقتصاد اسلامی/ پژوهشکده نظام های اسلامی
گروه فرهنگ پژوهی / پژوهشکده فرهنگ و مطالعات اجتماعی
گروه غرب شناسی / پژوهشکده فرهنگ و مطالعات اجتماعی
گروه ادبیات اندیشه / پژوهشکده فرهنگ و مطالعات اجتماعی
گروه مطالعات انقلاب اسلامی / پژوهشکده فرهنگ و مطالعات اجتماعی
گروه تاریخ و تمدن / پژوهشکده فرهنگ و مطالعات اجتماعی
پژوهشکده دانشنامه نگاری دینی
