کار ویژهها به آن دسته از فعالیتهای اساسی اطلاق میشود که به صورت روشمند و جامع، در پژوهشگاه در جریان است. از باب نمونه میتوان به موارد زیر اشاره نمود:
- طرح گفتوگوی علمی انتقادی با مبادی تفکرات جهانی رقیب، از طریق طراحی سطوح و برنامههای نظاممند.
- اجرای طرح تمحض اعضای هیأت علمی و پژوهشگران، از طریق تدوین ساختار موضوعی گروهها، و گرایشبندی و گرایش گزینی برای اعضای هیأت علمی و پژوهشگران.
- طراحی نظام آموزش «پژوهشمحورِ پرورشمآل» و آغاز اجرای آزمایشی آن.
- طراحی و تألیف دانشنامههای «نوآورانه ساختار موضوعی».
- اشتمال همه تحقیقات بر ساحات یا سطوحی از نوآوری.
- آغازگری در مباحث و چالشهای اندیشهای و ابتکار عمل در موضوعات و رشتهها و گروههای علمی.
- ایفای نقش تأثیرگذار در جریانسازی فکری و حوزههای مربوط.
- طراحی و کاربست مدیریت نوین پژوهش.
- جبههگونگی و گفتمانوارگی در دینپژوهی مجدّد.
- فراملّیاندیشی.
- اجتناب از ورود در مباحث و منازعات سیاسی روزمرّه.
- اجرای برنامههای مرتبط با سند چشمانداز ملی و برنامههای پنجساله چهارم توسعه.
- برجستگی علمی در برخی حوزههای معرفتی همچون فلسفه دین، اقتصاد اسلامی، معرفتشناسی، فلسفههای مضاف، و روششناسی مطالعات دینی.