کتابخانه پژوهشگاه فرهنگ و انديشه اسلامي، مجموعه‌اي است فراهم آمده از منابع علمي مختلف (کتاب، مجلّه، نرم افزار و…) به منظور پيشبرد پروژه‌هاي تحقيقاتي و ساير فعاليت‌هاي علمي مصوب در گروه‌هاي علمي که در سازمان مرکزي (تهران) و دفتر قم به طور مستقل ساماندهي شده است.
عمده منابع فارسي، عربي و لاتين کتابخانه سازمان مرکزی با توجه به گروه‌هاي علمي فعال مستقر در آن در موضوعات «عرفان»، «معرفت شناسي»، «تاريخ و تمدن»، «مطالعات انقلاب اسلامي»، «غرب شناسي»، «ادبیات اندیشه» و «فرهنگ‌پژوهي» تهيه و سامان يافته است.
عمده منابع موجود در کتابخانه دفتر قم نيز با توجه به گروه‌هاي علمي فعال مستقر در آن، در زمينه‌هاي «فلسفه»، «قرآن‌پژوهي»، «منطق فهم دين»، «کلام»، «سياست»، «اقتصاد»، «فقه و حقوق»، «اخلاق» و «مديريت اسلامي» و موضوعات مورد علاقه دانشنامه‌هاي پژوهشگاه تهيه و ساماندهي شده است.
هر دوکتابخانه بر اساس سيستم رده‌بندي کنگره «LC»، نظام يافته و از نرم‌افزار کتابداري کاوش جهت ارائه خدمات کتابداري استفاده مي‌كنند.
همچنين اختصاص فضاي ويژۀ مطالعه براي اعضاي هيأت علمي و پژوهشگران پژوهشگاه، اتصال به شبکه جهاني اينترنت و كتابخانه‌هاي معتبر ديجيتال، امکان بهره‌گيري از اطلاعات نرم‌افزارهاي داخلي و خارجي براي محققان، از ويژگي‌هاي کتابخانه پژوهشگاه به‌شمار مي‌آيد.
