پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی به دنبال ارائه این الگوست که در عین اینکه دانشنامه می‌نویسد، به دنبال نظریه پردازی نیز باشد و تلفیقی از این دو را انجام دهد که هم فایده دانشنامه را داشته باشد و هم برای رشد و توسعه علم و نظریه‌پردازی مفید باشد. نکته اصلی که سبب می‌شود محققین خود را به این کار پرزحمت وادار کنند و مراکز به دنبال اجرای این سیاست پرهزینه باشند ارائه سیر تطور یک علم است که کتب اصلی و تک‌نگاری‌ها آنرا تأمین نمی‌کنند. هدف اصلی نگارش دانشنامه‌ها ارائه سیر تطور یک علم است در مقاله علمی پژوهشی یک مسئله بررسی می‌شود یعنی یک پرسش اصلی و چند پرسش فرعی دارد که آن نگاشته به دنبال پاسخ و حل آن پرسش و سؤال است و لذا مقاله مبتنی بر فرضیه شروع می‌شود و با اثبات یا رد فرضیه به پایان می‌رسد. اما در دانشنامه به دنبال حل یک مسأله نیستیم به دنبال ارائه تصویری روشن از سیر تطور و رشد و تکامل یک مسئله در تاریخ علم هستیم که این مسئله در ادبیات علمی موجود چگونه است؛ به طور مثال صد سال از آن میگذرد یا اینکه مسئله نوپیدایی است و مثلا بیست سال از آن میگذرد یا اینکه هزار سال است که اندیشمندان درگیر حل این مسأله هستند. در مقاله دانشنامه‌ای باید سیر مواجهه متفکران با مسئله ترسیم شود تمام نکات بعدی از متن همین یک سطر در می‌آید. علل و مبانی تطور را نیز باید گزارش کرد و اینکه چه مبانی درون‌علمی و برون‌علمی سبب شد که این تغییر رأی از قولی به قول دیگر ایجاد شود. مقالات علمی پژوهش به دنبال آن نیستند.این رسالت اصلی دانشنامه است. و اگر مقالات دانشنامه‌ای این نکات را تأمین نکند مقاله دانشنامه‌ای نیست.
