کار ویژه‌ها به آن دسته از طرح‌ها و فعالیت‌های نوآورانه و حائز اهمیتی اطلاق می‌شود که به شکل مبتکرانه در پژوهشگاه طراحی شده و در دست اجراست:
۱. اجرای طرح گفت‌وگوی علمی انتقادی با مبادی تفکرات جهانی رقیب و همسو، از طریق طراحی سطوح و برنامه‌های نظام‌مند.
۲. اجرای طرح تمحض اعضای هیأت علمی و پژوهشگران، از طریق تدوین ساختار موضوعی گروه‌ها، و گرایش‌بندی و گرایش گزینی برای اعضای هیأت علمی و پژوهشگران.
۳. طراحی نظام آموزش «پژوهش‌محورِ پرورش‌مآل» و آغاز اجرای آزمایشی آن.
۴. طراحی و تألیف دانشنامه‌های «پژوهشی نوآورانه ساختار موضوعی».
۵. طراحی و کاربست مدیریت نوین پژوهش.
۶. تمرکز ویژه بر حوزه‌های معرفتی همچون فلسفه دین، اقتصاد اسلامی، معرفت‌شناسی، فلسفه‌های مضاف، و روش‌شناسی مطالعات دینی.
