در پرتو پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی ایران، بار دیگر دین و معرفت دینی، به‌ویژه تعالیم متعالی اسلام، به عنوان فکر و فرهنگ مترقی و نجات‌بخش آدمی، در عرصه‌ی حیات انسان معاصر ظاهر شد. تجدید حیات تعالیم وحیانی و ارزش‌های اسلامی، از سویی سبب بیداری و خودباوری ملت‌های مسلمان و احیای روح ستم‌ستیزی در آنان شد، و از دیگرسو باعث نمایان‌تر شدن سست‌پایگی مسلک‌ها و مکاتب بشری و نظام‌های مبتنی بر آنها گشت.
بایستگی تحقیقات دقیق و منسجم، نظریه‌پروری و نوآوری پیرامون زیرساخت‌های اندیشه‌ی دینی و نظامات اجتماعی مبنی بر آن، و ضرورت پرداخت علمی و روزآمد به حوادث واقعه‌ی فکری، به فراخور شرایط کنونی و درخور این رستخیز عظیم و نیز لزوم آسیب‌شناسی در حوزه‌ی فرهنگ ملّی و باورداشت‌های رایج دینی، به منظور زدودن پیرایه‌های موهوم و موهون از ساحت قدسی دین و تبیین و عرضه‌ی صحیح و دفاع معقول از اندیشه‌های دینی و صیانت از هویت فرهنگی و سلامت فکری اقشار تحصیل‌کرده و نسل جوان کشور، تأسیس نهاد علمی ـ پژوهشی و آموزشی، دانشگاهی و حوزوی ممحض و کارآمدی را فرض می‌نمود. بر این اساس پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه‌ی اسلامی به عنوان یک نهاد علمی ـ فکری، حسب‌الامر و بر اساس نظر رهبر فرهیخته‌ی انقلاب اسلامی آیت‌الله العظمی خامنه‌ای (مدّظله‌العالی) و با تلاش‌های فراوان آیت‌الله علی‌اکبر رشاد، در سال ۱۳۷۳ تأسیس شده است.
پژوهشگاه، دارای شخصیت حقوقی مستقل، و در حکم نهاد عمومی و غیردولتی و غیرانتفاعی بوده و بر طبق مفاد اساسنامه‌ی مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی و سایر ضوابط و مقررات و مصوبات مربوط، فعالیت می‌کند. همچنین پژوهشگاه دارای مجوّز رسمی از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری است و با تحقیق، تألیف و ترجمه و نشر آثار علمی متقن و کاربردی، با بهره‌گیری از قالب و بیان فراخور نسل معاصر، نیازهای مخاطبان خود یعنی: ۱٫ دانشوران و نخبگان فکری، علمی و اجتماعی و ۲٫ جوانان و دانشجویان را برآورده می‌سازد.
اهداف پژوهشگاه، مشتمل بر موارد زیر است:
- نظریه‌پردازی و نوآوری علمی در جهت توسعه و تعمیق معرفت دینی، و نیز بسط مطالعات راهبردی و کاربردی گره‌گشا در قلمرو حکمت و اندیشه‌ی دینی، فرهنگ، معارف و علوم انسانیِ اسلامی؛
- تعمیق و تحکیم بنیادهای معرفتی گفتمان فکری انقلاب اسلامی و رفع نیازمندی‌های نظری جمهوری اسلامی در زمینه‌ی نظامات اجتماعی و رفتاری اسلام و ارائه‌ی الگوی اسلامی ـ ایرانی پیشرفت؛
- بازشناسی، نقادی، بازپیرایی و بازارائه‌ی مواریث معرفتی بازمانده از سلف صالح، در حوزه‌ی دین‌پژوهی، فرهنگ و اندیشه‌ی دینی و نظامات اسلامی؛
- مطالعه‌ی مقایسه‌ای (تطبیقی) و نقد فعال، مبتکرانه و روشمند مکاتب و نظریه‌های معارض و رقیب در قلمرو حکمت و اندیشه‌ی دینی، فرهنگ و علوم انسانی اسلامی؛
- دفاع علمی از حکمت و معرفت دینی و فرهنگ و اندیشه‌ی اسلامی؛
- بازآرایی و ارائه‌ی شایسته و اثربخش مبانی و معارف وحیانی و تعالیم اهل‌بیت(ع)، ناظر به نظرها و نیازهای نوپدید؛
- تربیت صاحب‌نظران متعهد و متمحض، کارآ و زمان‌آگاه، در زمینه‌های مندرج در بندهای فوق.
در حال حاضر چهار پژوهشکده‌ی اصلی و هفت مرکز علمی وابسته در قالب گروه‌های علمی چندگانه در رشته‌های مختلف پژوهشی در پژوهشگاه فعالیت می‌کنند. محور اصلی فعالیت‌های پژوهشگاه در گروه‌های علمی ساماندهی شده است.
وظیفه‌ی اصلی گروه‌های علمی، طراحی و اجرای تحقیقات، با رویکرد اصلی تولید علوم انسانی اسلامی، مشتمل بر انجام اموری چند است: تهیه‌ی ساختار منطقی مباحث و موضوعات تحقیق، تهیه‌ی فهرست حوزه‌های تمحض علمی و عنوان‌های مطالعاتی و تحقیقاتی بر مبنای «مدیریت فرآیندمدار تمحض‌محور رشد پژوهش»، اولویت‌گذاری، تعریف و تهیه‌ی پیش‌طرح، تأیید صلاحیت محققان، ارزیابی و تصویب طرح‌های تحقیقاتی، نظارت بر حسن جریان اجرای تحقیقات، و ارزیابی و تأیید نهایی حاصل تحقیق. گذشته از اجرای تحقیقات، مجموعه‌ای از برنامه‌ها و فعالیت‌های علمی برای گروه‌ها تعریف شده است، که عبارت است از: اجرای کرسی‌های نظریه‌پردازی و نوآوری و نقد و مناظره، تهیه‌ی مقاله برای مجلات علمی معتبر و نمایه‌شده‌ی داخلی و خارجی و دانشنامه‌ها و همایش‌های علمی، تهیه‌ی مجلات و مجموعه‌ی مقالات علمی، طراحی و اجرای همایش در سطوح بین‌المللی و فراملی و ملی، برگزاری هم‌اندیشی‌ها و نشست‌های علمی و جلسات نقد کتاب، تأسیس انجمن‌های علمی و قطب‌های علمی، اجرای گفت‌وگوهای علمی انتقادی با مبادی تفکرات جهانی رقیب و مرابطه‌های علمی با مبادی تفکرات جهانی هم‌سو، برگزاری دوره‌های آموزشی در مقاطع تحصیلات تکمیلی دانشگاهی و سطوح سه و چهار حوزوی و دوره‌ها و کارگاه‌های آموزشی کوتاه مدت، و…. این وظایف جملگی در ذیل برنامه‌های جامع پژوهشی پنج ساله‌ی اول، دوم و سوم، و طی فرآیندهای دقیق و تعریف‌شده تحقق می‌یابد.
پژوهشکده‌ها وگروه‌های علمی پژوهشگاه عبارت‌اند از:
- حکمت و دین‌پژوهی: قرآن پژوهی، معرفت‌شناسی و علوم شناختی، فلسفه، کلام، عرفان، منطق فهم دین و تفسیر تخصصی علوم انسانی؛
- فرهنگ و مطالعات اجتماعی: تاریخ و تمدن، فرهنگ‌پژوهی، مطالعات انقلاب اسلامی، ادبیات اندیشه، و غرب‌شناسی؛
- نظام‌های اسلامی: اقتصاد، فقه و حقوق، سیاست، اخلاق، مالکیت فکری و مدیریت اسلامی؛
- دانشنامه‌نگاری دینی: در راستای تولید دانشنامه‌های مرجع و بین المللی با عناوین: امام علی(ع)، فاطمی(س)، قرآن‌شناسی، و نبوی(ص).
همچنین مراکز علمی وابسته به پژوهشگاه عبارت‌اند از:
- مرکز مطالعات پیشرفت و تمدن
- کانون اندیشه‌ی جوان؛
- مرکز مطالعات فضای مجازی؛
- مؤسسه‌ی پیوست‌نگاری فرهنگی افق.
- مرکز رشد و خانه خلاق و نوآوری
-
موسسه دانش و اندیشه معاصر(فام)
هم‌اکنون یک قطب علمی با نام «فلسفه‌ی دین اسلامی» با مجوز رسمی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در پژوهشگاه فعالیت می‌کند. نیز پنج مجله‌ی علمی دارای اعتبار علمی- پژوهشی از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری با نام‌های «قبسات»، «اقتصاد اسلامی» و «حقوق اسلامی»، یک مجله دارای اعتبار علمی- پژوهشی از مرکز مدیریت حوزه علمیه‌ی قم با نام «ذهن»، چهار مجله‌ی تخصصی با نام «آیین حکمرانی»، «جامعه پژوهی»، «قرآن پژوهی»و «کتاب نقد»، و دو مجله‌ی فرهنگی با نام «زمانه» و «حاشیه»، در پژوهشگاه و مراکز علمی وابسته تهیه و منتشر می‌شود.
تا کنون بیش از دویست اثر چاپ‌شده‌ی پژوهشگاه به زبان‌های اصلی دنیا ترجمه شده و تعدادی از آنها در عرصه‌ی بین الملل به صورت مکتوب و الکترونیکی انتشار یافته است.
مجموع اعضای هیات علمی و محققان همکار پژوهشگاه از ابتدای تأسیس تا کنون موفق به کسب حدود ۶۲۴ جایزه و تقدیرنامه از جشنواره‌های معتبر کشور برای طرح ها، تحقیقات و مقالات تولیدی خود شده‌اند.
