شورای پژوهشگاه مرکب از ریاست و معاونان پژوهشگاه، رؤسای پژوهشکدهها و موسسات وابسته بوده و مسؤولیت تصمیمگیری در زمینه برنامههای پژوهشی و آموزشی، کمک به امور اجرایی و فراهم آوردن امکانات در زمینه فعالیتهای پژوهشی و آموزشی را بر عهده دارد.
شوراهای معین پژوهشی، آموزشی، بینالملل، رسانش و ارتباطات و همکاریها عهدهدار تهیه و کارشناسی دستور جلسات شورای عالی پژوهشگاه میباشند.
شورای پژوهشگاه بصورت منظم هر هفته در پژوهشگاه تشکیل جلسه می دهد.